Las anotaciones de la estructura genética, exhaustivas y precisas, son esenciales para maximizar los beneficios de los datos genómicos y revelar valiosos conocimientos genéticos. El genoma del pepino se publicó por primera vez en 2009 y se actualizó en 2019. Para aumentar la precisión de los modelos de genes predichos, se utilizaron 64 datos de RNA-seq publicados y 9 nuevos datos de RNA-seq específicos de cadena de múltiples tejidos para una comparación manual con los modelos de genes. El archivo de anotación actualizado (V3.1) contiene un número mayor (24,145) de genes predichos en comparación con la versión anterior (24,317 genes), con un valor BUSCO más alto del 96.9%. Se ajustaron y añadieron un total de 6231 y 1490 transcritos, respectivamente, lo que representa el 31.99% del total de genes. Estos genes recién añadidos y ajustados fueron renombrados (CsaV3.1_XGXXXXX), mientras que los genes que permanecieron sin alterar conservaron sus designaciones originales. Se validó una selección aleatoria de 21 genes modificados/añadidos utilizando análisis de RT-PCR. Además, se examinaron patrones específicos de expresión génica utilizando los nuevos datos de transcriptoma con el modelo de predicción de genes revisado. Esta mejora en la anotación del genoma del pepino proporcionará recursos esenciales y precisos para estudios en pepino.