En este trabajo, presentamos un enfoque numérico para resolver problemas de control óptimo para aplicaciones de transferencia de calor en fluidos con un sistema de optimalidad mixto: un código FEM para resolver la solución adjunta sobre un conjunto de soluciones admisibles restringido y un código de código abierto bien conocido para resolver el problema de estado definido sobre otro diferente. De esta manera, podemos desacoplar el sistema de optimalidad y utilizar herramientas numéricas bien establecidas y validadas para la modelización física. Específicamente, se han utilizado dos códigos CFD diferentes, OpenFOAM (basado en volumen finito) y FEMuS (basado en elementos finitos), para resolver el sistema de optimalidad, mientras que la transferencia de datos entre ellos es gestionada por la biblioteca externa MEDCOUPLING. Las ecuaciones de estado se resuelven en el código de volumen finito, mientras que la adjunta y el control se resuelven en el código de elementos finitos. Se implementan dos ejemplos tomados de la literatura para validar el algoritmo numérico: el primero considera una cavidad de convección natural resultante de una configuración de Rayleigh-Bénard, y el segundo es un problema de transferencia de calor conjugado entre una región de fluido y una región sólida.