Este estudio tuvo como objetivo evaluar las interacciones intestinales entre tres ácidos grasos de cadena corta (AGCC), a saber, acetato, propionato y butirato, y bacterias patógenas en explantes intestinales de juveniles de lubina europea. Se muestreó el intestino anterior de 12 peces con un peso promedio de 100 g (sacrificados por exceso de anestesia con 2-fenoxietanol) y se colocaron en placas de 24 pocillos. Los tratamientos experimentales consistieron en un medio de control y un control más 1 mM o 10 mM de acetato de sodio (SA), butirato de sodio (SB) y propionato de sodio (SP). Después de 2 horas de incubación, los explantes fueron desafiados con 1 x 10 CFU/mL durante 2 horas. Después del desafío bacteriano, y sin importar el tratamiento con AGCC, el género relacionado con el estrés oxidativo catalasa y la superóxido dismutasa fueron regulados a la baja y la glutatión peroxidasa fue regulada al alza. Además, los genes relacionados con la inmunidad, es decir, el factor de necrosis tumoral, interleucina 8, factor de crecimiento transformante y factor nuclear también fueron regulados al alza, y la interleucina 10 fue regulada a la baja. Durante el pre-desafío, el propionato de sodio y el butirato de sodio parecieron unirse al receptor acoplado a proteínas G, aumentando su expresión. Durante el desafío, la citrato sintasa fue regulada a la baja, lo que indica que los AGCC se utilizaron como fuente de energía para aumentar las respuestas inmunitarias y oxidativas. En general, nuestros resultados sugieren que el propionato de sodio y el butirato de sodio pueden potenciar la respuesta inmunitaria de la lubina europea a nivel intestinal.