Los ácidos clorogénicos (CGA) se utilizan ampliamente como aditivos en la alimentación debido a su capacidad para mejorar el rendimiento del crecimiento y la salud intestinal en las aves de corral. Sin embargo, se desconoce si los CGA dietéticos podrían revertir la condición intestinal deteriorada causada por la alta densidad de población (HD) en los pollos de engorde. Determinamos el efecto del CGA dietético sobre el crecimiento, los niveles de antioxidantes en suero, la función de barrera del yeyuno y la comunidad microbiana en el ciego de los pollos criados en condiciones normales (ND) o de HD. El estrés por HD disminuyó significativamente el crecimiento y el peso corporal, lo cual fue restaurado por el CGA. El grupo de HD mostró un aumento en el malondialdehído en suero, un subproducto oxidativo, y una disminución en la actividad de SOD y GSH-Px. El CGA redujo el malondialdehído y restauró la actividad de las enzimas antioxidantes. El estrés por HD también disminuyó significativamente la longitud de las vellosidades yeyunales y aumentó la profundidad de las criptas. En comparación con ND, la expresión de los genes de uniones estrechas se redujo significativamente en el grupo de HD, pero esta disminución fue revertida por el CGA. HD también aumentó significativamente el TNF-alfa. En comparación con ND, la microbiota cecal en el grupo de HD mostró menor diversidad alfa con aumentos en las bacterias dañinas. Este cambio se alteró en el grupo HD + CGA, con un enriquecimiento de otras bacterias beneficiosas. Estos resultados demostraron que el estrés por HD disminuyó la capacidad antioxidante en suero, inhibió el desarrollo de las vellosidades yeyunales y downreguló la expresión de los genes de uniones estrechas, lo que aumentó la permeabilidad intestinal durante el período de rápido crecimiento (21 a 35 días). El CGA dietético mejoró la capacidad antioxidante, mejoró la integridad intestinal y aumentó las bacterias intestinales beneficiosas en pollos criados en condiciones de HD.