A pesar de las muchas ventajas en la acuicultura que presenta una dieta alta en grasas (HFD), la alimentación a largo plazo con HFD puede perjudicar el crecimiento y la salud de los peces. Se ha informado que los ácidos biliares (BA), como aditivos alimentarios, alivian los trastornos metabólicos inducidos por HFD en los peces. Sin embargo, los efectos específicos de los BA varían según los animales acuáticos, y su mecanismo subyacente debe ser esclarecido. Por lo tanto, este estudio se centró en el impacto de los BA en los cambios fisiológicos y transcripcionales asociados con el metabolismo lipídico hepático, así como en las características transcriptómicas en carpas gibel alimentadas con HFD. Los peces alimentados con dietas que contenían 400-600 mg/kg de BA mostraron contenidos notablemente más bajos de aspartato transaminasa, alanina aminotransferasa, lipoproteína de baja densidad, triglicéridos y colesterol total, lo que estuvo acompañado por el alivio del daño patológico hepático. En las carpas gibel alimentadas con HFD, la adición de BA de 400-600 mg/kg (particularmente 600 mg/kg) no solo reguló a la baja de manera significativa los genes en lipogénesis y síntesis de colesterol, sino que también aumentó significativamente los genes en catabolismo y transporte de lípidos. Utilizando RNA-seq, se identificaron 7040 genes expresados diferencialmente entre los peces que recibieron 0 y 600 mg/kg de BA dietético, y se enriquecieron principalmente en la vía del metabolismo de esteroides. Estos hallazgos pueden proporcionar información valiosa sobre la aplicación de los BA en los alimentos para acuicultura y el mecanismo molecular de los BA para aliviar la disfunción metabólica en peces alimentados con HFD.