El enriquecimiento de progenitores basales (BPs) en el neocortex en desarrollo es un motor central del agrandamiento cortical. Se sabe que el factor de transcripción Pax6 es un regulador esencial en la generación de BPs. La acetilación de lisina 9 en H3 (H3K9ac) ha surgido como un mecanismo epigenético crucial que activa el programa de expresión génica requerido para la amplificación del pool de BPs. En este trabajo actual, aplicamos inmunohistoquímica, secuenciación de ARN, inmunoprecipitación de cromatina y secuenciación, y el ensayo de dos híbridos de levadura para revelar que el efecto genético de H3 acetilación en BPs depende de la funcionalidad de Pax6 en el córtex en desarrollo de ratón. En presencia de Pax6, el aumento de la acetilación de H3 causó expansión del pool de BPs, lo que llevó a una neurogénesis mejorada, que evocó la expansión y cuasi-convolución del neocortex de ratón. Curiosamente, la activación de la acetilación de H3 exacerba el efecto de agotamiento de BPs y reducción de corticogénesis de la ablación de Pax6 en mutantes de Pax6 específicos del córtex. Además, encontramos que la acetiltransferasa KAT2A/GCN5 de H3K9 interactúa con Pax6 y potencia la actividad transcripcional dependiente de Pax6. Esto explica la falta de H3K9ac a nivel del genoma, especialmente en las regiones promotoras de los genes genéticos de BPs, en el córtex mutante de Pax6. En conjunto, estos hallazgos revelan un acoplamiento mecánico de la acetilación de H3 y Pax6 en la orquestación de la producción de BPs y la expansión cortical a través de la promoción de un programa de expresión génica de BPs durante el desarrollo cortical.