El almacenamiento de datos basado en ADN ha surgido en esta década como una solución prometedora para una larga durabilidad de los datos, bajo consumo de energía y alta densidad. Sin embargo, tal tecnología aún no ha alcanzado un buen nivel de madurez, requiriendo muchas investigaciones para mejorar los procesos de codificación y decodificación de la información. Las simulaciones pueden ser clave para superar las cargas de tiempo y costos de los numerosos experimentos impuestos por exploraciones exhaustivas del espacio de diseño. En respuesta a esto, hemos desarrollado un simulador de almacenamiento de ADN (DNAssim) que permite simular los diferentes pasos en la tubería de almacenamiento de ADN utilizando una infraestructura de software propietaria escrita en lenguaje Python/C. Entre las muchas operaciones realizadas por la herramienta, se ha identificado que el cálculo de la distancia de edición utilizado durante las operaciones de agrupamiento es la tarea más intensiva computacionalmente en el software, por lo que se requiere aceleración de hardware. En este trabajo, demostramos la integración en el marco de DNAssim de un acelerador de hardware FPGA dedicado basado en el kit de evaluación Xilinx VC707 para aumentar los cálculos de distancia de edición hasta 11 veces en comparación con un enfoque puramente de software. Esto se materializa en una reducción de la latencia de simulación de agrupamiento de hasta 5.5 veces y allana el camino para futuras plataformas de simulación de almacenamiento de ADN a gran escala.