El maíz nativo en Cherán, Michoacán, en el suroeste de México, representa un apoyo económico, social y religioso de alto impacto, aunque su rendimiento es bajo debido a enfermedades fúngicas. Los fungicidas se utilizan principalmente para su control, pero los hongos involucrados crean resistencia. Los objetivos de este estudio son determinar la incidencia de enfermedades foliares en el campo, aislar los hongos causales, evaluar el efecto in vitro del aceite esencial de ruda sobre ellos e identificar los metabolitos secundarios. El aceite esencial se obtuvo utilizando la técnica de destilación al vapor en plantas frescas. También se utilizó un quitosano de grado industrial, y el fungicida comercial benomilo se usó como control positivo. El aceite esencial de ruda fue caracterizado por espectrometría de masas con cromatografía líquida de ultra alto rendimiento con ionización por electrospray (UHPLC-ESI). La mayor incidencia de enfermedad se obtuvo para la roya foliar (35%), seguida de la mancha foliar gris (GLS) (24%) y el marchitamiento foliar (19%). El aceite esencial de ruda inhibió el 100% del crecimiento micelial de y el 96% del micelio de . El fungicida benomilo inhibió efectivamente (86 a 91%), pero no , con el efecto opuesto al usar quitosano al inhibir el 89 a 90% del desarrollo micelial de este último. El compuesto mayoritario del aceite esencial de fue 2-(3-fenilprop-2-enoyl)cromen-4-ona; sin embargo, también se detectaron ácidos grasos: ácido linoleico, ácido palmítico y ácido retinoico.