El agente causante de la enfermedad de la pudrición de raíces es una de las principales limitaciones del rendimiento de la haba a nivel mundial. Los aceites esenciales se han convertido en excelentes estimuladores del crecimiento de las plantas además de sus propiedades antifúngicas. El hinojo es una planta medicinal familiar que tiene efectos inhibitorios contra hongos fitopatógenos. En este estudio, se examinaron diferentes concentraciones de aceite esencial de semillas de hinojo (FSEO) (12.5, 25, 50, 100, 200 y 400 L/mL) contra KHA10 (número de acceso MW444555) aislado de raíces podridas de haba in vitro y en vivo. La composición química de FSEO, a través de cromatografía de gases/espectrometría de masas, reveló 10 compuestos principales. In vitro, FSEO inhibió con una concentración mínima inhibitoria (CMI) de 25 uL/mL. En vivo, FSEO suprimió la enfermedad de la pudrición de raíces en haba al disminuir la severidad de la enfermedad (61.2%) y la incidencia de la enfermedad (50%), y actuó como agente protector (32.5%) de la haba. Se registraron mejoras en los parámetros morfológicos y bioquímicos en semillas de haba tratadas con FSEO. Además, el nivel de expresión de los genes relacionados con la defensa, defensina y quitinasa, se mejoró notablemente en las plantas tratadas. Este estudio sugiere el uso de FSEO como un prometedor agente antifúngico no solo para controlar la enfermedad de la pudrición de raíces, sino también para mejorar el crecimiento de las plantas y activar la defensa de las plantas.