La mancha foliar de Septoria (SLB) se considera una de las enfermedades más devastadoras que afecta la producción mundial de trigo. La aplicación de bioestimulantes es uno de los enfoques modernos en la protección de plantas para superar el impacto de la resistencia de los fungicidas de la SLB. De esta manera, se evaluó durante 3 años el efecto de recubrir semillas con aceite esencial de tomillo o la cepa PsJN en la gravedad de la SLB y los componentes del rendimiento (espigas/metro, rendimiento de paja (SY), rendimiento de grano (GY) y peso de mil granos (TKW)) en condiciones de campo. El efecto en los rasgos fisiológicos y la composición isotópica de nitrógeno y carbono (N, C) y el contenido de nitrógeno y carbono (N, C) de los granos se evaluó en un año de estudio. El aumento de la gravedad de la SLB disminuyó todos los componentes del rendimiento, aumentó el contenido de N y C y disminuyó ligeramente el C como resultado de inducir la apertura estomática y la necrosis foliar. A lo largo de los años, ambos tratamientos aliviaron el impacto adverso de la SLB al reducir la gravedad de la SLB, aumentar las espigas/metro, SY, GY y TKW. Ambos tratamientos mejoraron la calidad del grano al aumentar el contenido de C y disminuir el C y N. Se discute la diferencia entre el rendimiento del aceite de tomillo y la cepa PsJN en términos de intensidad y estabilidad, considerando que está vinculada a la resistencia sistémica desencadenada y la cantidad asociada de costos derivados de la asignación de recursos hacia los procesos de defensa.