Los ácaros (mites y garrapatas) son un grupo biodiverso de microartrópodos dentro de los arácnidos. Debido a su diminuto tamaño, los ácaros a menudo son pasados por alto. Hipotetizamos que los ácaros, al igual que otros microorganismos estrechamente relacionados, también podrían contaminar bases de datos genómicas públicas. Aquí, utilizando una estrategia basada en códigos de barras de ADN previamente reportados, escaneamos contaminaciones relacionadas con ácaros (Acari, excluyendo Ixodida) en la base de datos WGS/TSA de Genbank. En 22,114 ensamblajes (17,845 proyectos de animales y 4269 de plantas), se detectaron 1717 contigs en 681 ensamblajes (3.1%) como contaminaciones de ácaros. Un análisis taxonómico adicional mostró lo siguiente: (1) la mayoría de los contaminantes (1445/1717) eran de especímenes de Magnoliopsida, Insecta y Pinopsida; (2) las tasas de contaminación eran más altas en proyectos de plantas o TSA; (3) la distribución de ácaros entre diferentes clases de hospedadores variaba considerablemente. Un análisis filogenético adicional de estos contigs contaminados reveló además complicadas asociaciones ácaro-hospedador. En general, realizamos una primera encuesta y análisis sistemático de contaminaciones de ácaros en bases de datos genómicas públicas, y estos contigs de ácaros relacionados con códigos de barras de ADN proporcionarán un recurso valioso de información para comprender la diversidad y filogenia de los ácaros.