En la Amazonia brasileña, dos géneros monoespecíficos, el águila arpía y el águila crestada, presentan bajas densidades y están clasificados por la UICN como Casi Amenazados debido a la pérdida de hábitat, la deforestación, la degradación del hábitat y la caza. En este estudio, evaluamos la presencia de estas grandes rapaces utilizando la base de datos de estudios ambientales de la Central Hidroeléctrica de Belo Monte. Integrando el conjunto de datos de dos métodos, trazamos un mapa de distribución a lo largo del río Xingú, incluyendo registros en un tramo fluvial de 276 km. Los estudios terrestres (método RAPELD) fueron más eficientes para detectar grandes rapaces que los estudios acuáticos estandarizados, aunque estos últimos fueron complementarios en áreas sin módulos. Aproximadamente el 53% de los registros se obtuvieron durante actividades de rescate/descarga de fauna silvestre, supresión de vegetación o en tránsito. Entre 2012 y 2014, cuatro águilas arpías fueron extraídas de su hábitat natural: dos víctimas de disparos, una herida por colisión con cables eléctricos y una atropellada por un vehículo. Además, se mapearon siete nidos. La distancia media entre los registros de águila arpía fue de 15 km a lo largo del cauce del río, con una media de 20 km entre nidos cerca del cauce, lo que nos permitió estimar 20 posibles parejas utilizando el bosque aluvial, el bosque ribereño y los fragmentos de bosque. Los territorios de otras diez parejas probablemente se verán afectados por la inundación del cauce del Volta Grande, que se encuentra lejos del río principal. La distancia media entre los registros de águila crestada fue de 16 km a lo largo del cauce del río. El único nido encontrado se encontraba a 1,3 km de un nido de águila arpía. Los bosques remanentes corren el riesgo de ser reemplazados por pastizales, por lo que recomendamos garantizar la protección permanente de los bordes de vegetación riparia (APP) y conservar los fragmentos de bosque a menos de 5 km del río para mantener las poblaciones de águilas.