La protección de plantas con microorganismos beneficiosos se considera una alternativa prometedora al control químico de plagas y patógenos. Los microorganismos beneficiosos pueden potenciar las defensas de las plantas a través de la resistencia sistémica inducida (RSI), mejorando la resistencia de las plantas contra futuros estreses bióticos. Aunque el uso de microorganismos inductores de RSI en agricultura parece prometedor, la activación de la RSI es dependiente del contexto: a menudo ocurre solo bajo condiciones bióticas y abióticas particulares, lo que hace su uso impredecible y dificulta su aplicación. A pesar de los importantes avances en la investigación sobre los aspectos mecanicistas de la RSI, la investigación sobre la RSI se realiza principalmente en condiciones altamente controladas, que difieren de las condiciones en los sistemas agrícolas. Esto forma uno de los cuellos de botella para el desarrollo de aplicaciones basadas en microorganismos inductores de RSI en la agricultura comercial. Proponemos un enfoque que incorpore explícitamente factores dependientes del contexto en la investigación de la RSI para mejorar la predictibilidad de la inducción de la RSI bajo condiciones ambientales variables. Aquí destacamos cómo los factores abióticos y bióticos influyen en las interacciones planta-microorganismo en el contexto de la RSI. También discutimos la necesidad de crear conciencia sobre la necesidad de fomentar esfuerzos interdisciplinarios entre investigadores y partes interesadas que participan en el desarrollo de aplicaciones que involucran microorganismos inductores de RSI para una agricultura sostenible.