Las proteínas del suelo relacionadas con la glomalina (GRSP) desempeñan un papel crucial en el fortalecimiento de la estructura del suelo y el aumento del almacenamiento de carbono (C). Sin embargo, la estabilidad química de GRSP y la respuesta de la comunidad de hongos micorrícicos arbusculares (AMF) relacionados a la fertilización siguen siendo desconocidas. Este estudio investigó los contenidos de C y nitrógeno (N), las características de fluorescencia tridimensional en GRSP y las propiedades de AMF basadas en un experimento de campo que fue sometido a 29 años de diversas fertilizaciones. El experimento incluyó tratamientos sin fertilizante (CK), fertilizante químico (NPK), estiércol (M) y tratamientos combinados de estiércol con NPK (NPKM). Los resultados mostraron que GRSP contenía 37-49% de C y 6-9% de N, respectivamente. En comparación con CK y NPK, las proporciones de C y N en GRSP aumentaron significativamente bajo M y NPKM. Utilizando el modelo de factor paralelo, se identificaron cuatro componentes fluorescentes de GRSP: un componente similar al ácido fúlvico (C2), un componente similar a la tirosina (C4) y dos componentes similares al ácido húmico (C1, C3). Bajo M y NPKM, la intensidad fluorescente de C2 y C4 disminuyó, mientras que el índice de humificación (HIX) aumentó en relación con CK y NPK, lo que indica que la fertilización orgánica podría mejorar la estabilidad de GRSP. La proporción de C y N en GRSP se asoció positivamente con el C orgánico del suelo (SOC), el N total (TN), el fósforo disponible (AP), la biomasa y diversidad de AMF, mientras que C2 y C4 mostraron asociaciones negativas. El modelado de ecuaciones estructurales reveló además que los cambios inducidos por el estiércol en el pH, SOC, TN y AP aumentaron la biomasa y diversidad de AMF, alterando así la composición y estabilidad de GRSP. Este estudio proporciona información valiosa sobre las características de composición de GRSP, contribuyendo a la gestión sostenible del suelo y la captura de C en agroecosistemas.