La producción de plántulas de alta calidad es importante para lograr una mejor productividad en la horticultura. A pesar de estar bien desarrollada en la agricultura convencional, hay pocos estudios sobre sistemas acuapónicos. La elección del sustrato en esta cultura integrada afecta la viabilidad de las plantas y económica. Este estudio verificó los efectos de usar residuos como sustrato para la producción de plántulas en un sistema acuapónico con tambaqui. Cinco mezclas de despojos (0%, 25%, 50%, 75% y 100%) con fibra de coco, nutridas por aguas residuales acuapónicas, fueron evaluadas. La calidad del agua, el rendimiento de los peces y las plantas se analizaron durante un experimento de 18 días. Aunque la cantidad total de amoníaco disminuyó de 5,17 mg L a 0,64 mg L, el nitrito y nitrato no superaron 1 mg L y 3 mg L, respectivamente. La ganancia de peso promedio fue de 118,79 g y se logró una alta asimilación de alimentos, con una tasa de conversión de alimento de 0,86. El hematocrito sanguíneo medio (30,20 +/- 5,99%) y la glucosa (59,5 +/- 10,06 mg dL) indican un buen estado fisiológico del pez. El uso de la mezcla de despojos al 50% disminuyó a la mitad la masa fresca total de las plantas, hasta 1,12 +/- 0,30 g, pero no disminuyó la masa seca ( > 0,05). Cuando la mezcla fue superior al 25%, la longitud de la planta y de la hoja fueron 8 cm y 3 cm más pequeñas, respectivamente, y el número de hojas y el diámetro de la base del tallo se redujeron en un 34% y 40%, respectivamente. No recomendamos usar más del 25% de despojos con fibra de coco para la producción de plántulas en un sistema acuapónico.