El estrés por encharcamiento causa una destrucción sustancial en el crecimiento y la producción de las plantas bajo fluctuaciones climáticas a nivel global. Las hormonas vegetales han sido ampliamente exploradas en numerosos cultivos, mostrando un papel imperativo en la defensa y el mecanismo de crecimiento de los cultivos. Sin embargo, hay una escasez de investigación sobre el tema de las hormonas vegetales que regulan las respuestas al estrés por encharcamiento en el cultivo de trigo. En este estudio, aclaramos el papel del 6-BA en el estrés por encharcamiento a través de la inducción de la biosíntesis de fenilpropanoides en el trigo. La aplicación de 6-BA (6-benziladenina) mejoró el crecimiento y desarrollo de las plantas de trigo bajo estrés por encharcamiento, lo que se acompañó de una reducción en la fuga de electrolitos, un alto contenido de clorofila y azúcares solubles. La eliminación de ROS también se mejoró con 6-BA, resultando en una reducción de la acumulación de MDA y HO y un aumento en las actividades de las enzimas antioxidantes. Además, bajo el efecto de 6-BA, se observó la aceleración del contenido de lignina y su acumulación en las paredes celulares de los tejidos de trigo, junto con la activación de las actividades de PAL (fenilalanina amoníaco liasa), TAL (tirosina amoníaco liasa) y 4CL (4-hidroxicinamato CoA ligasa) y el aumento en el nivel de transcripción de los genes, bajo estrés por encharcamiento. También, el 6-BA mejoró el sistema de crecimiento de raíces bajo condiciones de estrés por encharcamiento. Un análisis adicional de qPCR reveló un aumento en la señalización de auxinas en plantas tratadas con 6-BA bajo estrés por encharcamiento, que fue consistente con la inducción del contenido de la hormona IAA endógena bajo condiciones de estrés por encharcamiento. Aquí, el 6-BA también redujo la pérdida de rendimiento, en comparación con las plantas de control. Así, los datos obtenidos sugieren que, bajo la aplicación de 6-BA, el metabolismo de los fenilpropanoides (es decir, lignina) fue estimulado, desempeñando un papel significativo en la reducción de los efectos negativos del estrés por encharcamiento en el rendimiento, como lo evidencian los parámetros de crecimiento de las plantas mejorados.