La cepa 11F tiene efectos inhibitorios sobre muchos hongos fitopatógenos y mejora el establecimiento y el rendimiento de biomasa de la hierba de switch. Sin embargo, los efectos antagónicos de la cepa 11F sobre la marchitez de la sandía y sus metabolitos secundarios que contribuyen a su actividad de biocontrol son poco comprendidos. Evaluamos los efectos antagónicos y promotores del crecimiento de la cepa 11F y realizamos un análisis de transcriptoma para identificar los metabolitos que contribuyen a la actividad antifúngica. La cepa 11F tuvo efectos inhibitorios marcados sobre seis patógenos fúngicos. La incidencia de marchitez en plántulas de sandía se redujo en un 46.02%, mientras que el crecimiento de las plántulas de sandía fue promovido, como lo indican la altura de la planta (8.7%), el peso fresco (23.1%) y el peso seco (60.0%). Los datos de secuenciación de ARN limpios fueron anotados con 7553 genes funcionales. Los 2582 genes expresados diferencialmente (DEGs) detectados en la comparación Control vs. Caso 2 se dividieron en 42 subcategorías de los procesos biológicos, componentes celulares y categorías de función molecular del Ontología de Genes. Setecientos cuarenta genes funcionales (55.47% de los DEGs) fueron asignados a las vías metabólicas de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto, reflejando la complejidad del sistema regulador metabólico de la cepa 11F. El nivel de expresión del gen, que codifica una enzima esencial para la síntesis del ácido fenazina-1-carboxílico (PCA), se reguló a la baja 3.7 veces entre los puntos de tiempo de fermentación de 24 h y 48 h, sugiriendo que la cepa 11F puede producir compuestos de fenazina. Un compuesto de fenazina de 11F fue aislado e identificado como fenazina-1-carboxamida (PCN), que contribuyó a la actividad antagónica contra f. sp. Se especuló que PCA era el precursor sintético de PCN. La regulación a la baja en la expresión podría estar asociada con la disminución en la acumulación de PCA y el aumento en la síntesis de PCN en la cepa 11F de 24 a 48 h. La cepa 11F protege a las plántulas de sandía de la marchitez de la sandía y promueve el crecimiento de las plántulas. El análisis de transcriptoma de la cepa 11F proporciona información sobre la síntesis de PCN, que tiene actividad antifúngica contra f. sp. de sandía.