El color del pelaje es un rasgo económico importante en las cabras, que influye en la identificación de razas y en el valor de mercado. Las cabras de Chongqing, razas locales representativas del suroeste de China, exhiben una diversidad de colores de pelaje; sin embargo, la base genética que subyace a esta variación sigue siendo poco comprendida. En este estudio, identificamos genes asociados con el color del pelaje de las cabras de Chongqing a través de un estudio de asociación del genoma completo (GWAS). Los resultados revelaron que los genes en el cromosoma 13 juegan un papel significativo en la variación del color del pelaje en las cabras de Chongqing. Análisis adicionales de haplotipos y funcionales respaldaron la asociación de estos genes con el color del pelaje, con algunos relacionados con el color de pelaje negro y el gen que potencialmente influye en la expresión del color de pelaje blanco. Estos hallazgos mejoran nuestra comprensión de los mecanismos genéticos que regulan el color del pelaje en las cabras y proporcionan valiosos recursos genéticos para la conservación y mejora de razas.