: Un paquete de Python flexible para la simulación de historias complejas de familias de genes
Autores: Schaller, David; Hellmuth, Marc; Stadler, Peter F.
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
: Un paquete de Python flexible para la simulación de historias complejas de familias de genes
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Ingeniería de Software
Palabras clave
Flexible
Fácil de usar
Simulación
Historias de familias de genes
árboles de especies
Evolución
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 36
Citaciones: Sin citaciones
es un paquete de Python flexible y fácil de usar para la simulación de historias de familias de genes. Simula árboles de especies y considera la acción conjunta de la duplicación, pérdida, conversión y transferencia horizontal de genes para evolucionar familias de genes a lo largo del árbol de especies. Para generar escenarios realistas, se modela la heterogeneidad de la tasa de evolución a partir de diversas fuentes. Finalmente, se pueden simular secuencias de nucleótidos o aminoácidos (opcionalmente con indels, heterogeneidad de tasa entre sitios y sitios invariantes) a lo largo de las filogenias de genes. Para todos los pasos, los usuarios pueden elegir entre un espectro de métodos y parámetros alternativos. Estas opciones incluyen la mayoría de las opciones que se utilizan comúnmente en herramientas comparables, pero también algunas que generalmente no se encuentran, como el modelo de innovación para la evolución de especies. Si bien se pueden generar archivos de salida para cada paso individual, está destinado principalmente a ser integrado en complejas tuberías de Python diseñadas para evaluar el rendimiento de los métodos de análisis de datos. Permite al usuario interactuar, analizar y posiblemente manipular los escenarios simulados. está disponible de forma gratuita en GitHub.
Descripción
es un paquete de Python flexible y fácil de usar para la simulación de historias de familias de genes. Simula árboles de especies y considera la acción conjunta de la duplicación, pérdida, conversión y transferencia horizontal de genes para evolucionar familias de genes a lo largo del árbol de especies. Para generar escenarios realistas, se modela la heterogeneidad de la tasa de evolución a partir de diversas fuentes. Finalmente, se pueden simular secuencias de nucleótidos o aminoácidos (opcionalmente con indels, heterogeneidad de tasa entre sitios y sitios invariantes) a lo largo de las filogenias de genes. Para todos los pasos, los usuarios pueden elegir entre un espectro de métodos y parámetros alternativos. Estas opciones incluyen la mayoría de las opciones que se utilizan comúnmente en herramientas comparables, pero también algunas que generalmente no se encuentran, como el modelo de innovación para la evolución de especies. Si bien se pueden generar archivos de salida para cada paso individual, está destinado principalmente a ser integrado en complejas tuberías de Python diseñadas para evaluar el rendimiento de los métodos de análisis de datos. Permite al usuario interactuar, analizar y posiblemente manipular los escenarios simulados. está disponible de forma gratuita en GitHub.