El tamaño del grano tiene un efecto importante en el rendimiento del arroz. Aunque se han reportado varios genes clave que regulan el tamaño de la semilla en el arroz, sus mecanismos moleculares siguen siendo poco claros. En este estudio, se identificó un mutante de tamaño de grano pequeño en arroz, y los resultados del análisis de resecuenciación MutMap mostraron que una inserción de 2 pb en el segundo exón del gen resultó en una longitud y ancho de grano inferiores a los del tipo silvestre Teqing (TQ). Encontramos que codificaba invertasa ácida vacuolar, un nuevo alelo de, que regula el tamaño del grano. Los análisis de enriquecimiento GO y KEGG mostraron que estaba involucrado en la síntesis de proteínas del retículo endoplásmico, el metabolismo de cisteína y metionina, y el metabolismo del ácido propiónico, regulando así el tamaño del grano. Un análisis del contenido de azúcar en las panojas jóvenes mostró que se redujeron los contenidos de sacarosa, fructosa y almidón, regulando así el tamaño del grano. Un análisis de haplotipos mostró que Hap2 de tenía un grano más largo y estaba ampliamente presente en variedades de arroz. Nuestros resultados proporcionan una nueva base teórica para los mecanismos moleculares y fisiológicos mediante los cuales se regula el tamaño del grano.