El objetivo de nuestro estudio fue evaluar si las cianotoxinas (microcistinas) pueden afectar la composición de la comunidad zooplanctónica, dando lugar al predominio de formas microzooplanctónicas (protozoos y rotíferos). Se analizaron las variaciones temporales en las concentraciones de microcistinas y la biomasa zooplanctónica en tres embalses eutróficos de la región semiárida del noreste de Brasil. La concentración de microcistinas en el agua demostró estar correlacionada con el biovolumen cianobacteriano, lo que indica la contribución de formas coloniales como Microcystis a la producción de cianotoxinas. A nivel comunitario, la biomasa total del zooplancton no se correlacionó con la concentración de microcistinas (r² = 0,00; P > 0,001), pero en un análisis a nivel poblacional, la biomasa de rotíferos y cladóceros mostró una correlación positiva débil. Los copépodos ciclopoides, considerados relativamente ineficientes en la ingestión de cianobacterias, presentaron una correlación negativa (r² = – 0,01; P > 0,01) con la concentración de cianotoxinas. Sorprendentemente, la biomasa de los copépodos calanoides presentó una correlación positiva con la concentración de microcistina (r² = 0,44; P > 0,001). Los resultados indican que los mecanismos de control alelopático (efectos negativos de la microcistina sobre la biomasa del zooplancton) no parecen afectar sustancialmente la composición del mesozooplancton, que mostró una biomasa constante y elevada en comparación con el microzooplancton (rotíferos). Estos resultados pueden ser importantes para comprender mejor las interacciones tróficas entre el zooplancton y las cianobacterias, así como los posibles efectos de los compuestos alelopáticos sobre el zooplancton.