La cuenca del río Bacanga enfrenta problemas ambientales relacionados con la urbanización y el vertido de aguas residuales domésticas sin tratamiento, lo que compromete la salud de su ecosistema. Debido al escaso número de estudios que evaluaron la calidad de sus aguas, el presente estudio tuvo como objetivo evaluar el estado actual de este ecosistema con base en el índice de protección de la vida acuática. Se tomaron muestras de agua cada dos meses, en un total de seis eventos, en seis sitios a lo largo de la cuenca, donde se recolectaron para evaluar los parámetros fisicoquímicos y calcular el índice de estado trófico y el índice de parámetros mínimos para la protección de las comunidades acuáticas. Los datos también se compararon con los valores determinados por la resolución CONAMA 357/05. Nuestros resultados revelan cambios significativos en la calidad del agua de la cuenca del río Bacanga. Un aumento en la concentración de nutrientes y clorofila-a condujo a la eutrofización. Los valores de surfactante fueron altos y pusieron en peligro la biota acuática. Los niveles de oxígeno disuelto estuvieron por debajo de los valores permitidos por la resolución en la mayoría de los sitios muestreados. La calidad actual del agua es pésima para la protección de la vida acuática en el 61,92% de los sitios muestreados.