Objetivo: Se adaptó el Índice de Integridad Biótica (IBI) utilizando datos ecológicos de las comunidades de peces que habitan arroyos de cabecera en la Mata Atlántica del sur del estado de São Paulo.

Métodos: Se muestreó la ictiofauna y se recolectaron datos ambientales en 27 tramos de arroyos durante la estación seca de 2010. Las especies de peces se categorizaron según grupo trófico, posición en la columna de agua y preferencia por mesohábitats de correderas. Las métricas candidatas fueron evaluadas por su amplitud, capacidad de respuesta y redundancia.

Resultados: De las 17 métricas evaluadas, cuatro fueron incluidas en el IBI. Estas correspondieron a atributos de diversidad de especies: porcentaje de individuos de la familia Loricariidae; uso del hábitat: porcentaje de individuos en correderas bentónicas; y función trófica: porcentaje de individuos omnívoros y porcentaje de individuos herbívoros/detritívoros. Ocho arroyos (30 %) fueron clasificados como excelentes o buenos, y catorce (50 %) como pobres o muy pobres.

Conclusiones: A escala regional, muchos aspectos de la integridad biológica se encuentran alterados, aunque existen arroyos que pueden ser utilizados como referencia biológica.