Objetivo: El objetivo de este estudio fue evaluar los factores de control y una posible similitud entre los ensamblajes de Chironomidae y Oligochaeta en dos sitios próximos: la desembocadura del río Guareí en el río Paranapanema (São Paulo, Brasil) y su área fluvial lateral.

Métodos: Las muestras de fauna se recolectaron trimestralmente durante un año. En el mismo período se determinaron variables físicas y químicas del agua, así como variables del sedimento.

Resultados: Ambos ensamblajes presentaron baja variabilidad en la densidad a lo largo del tiempo en el área lateral, atribuida a las características del sedimento y a factores ambientales. En este sitio se registraron los taxones Caladomyia, Parachironomus, Pristina sp., Pristina osborni, Bothrioneurum y Opistocysta funiculus. El río Guareí presentó mayores variaciones temporales y espaciales, atribuidas principalmente a la disminución del nivel del agua. Se observó una mayor abundancia de organismos, especialmente de Chironomus y Tubificinae, en el canal del río.

Conclusiones: La disimilitud en las distribuciones temporal y espacial de Chironomidae y Oligochaeta se atribuyó a las características particulares de los dos sitios de estudio: el canal del río y el área lateral. La reducción del nivel del agua a lo largo del año fue el principal factor de control de la riqueza y densidad de Chironomidae y Oligochaeta en el río. En el área lateral, la presencia y abundancia de ciertos taxones estuvieron determinadas por la naturaleza del sedimento y las variables físicas y químicas del agua.