Objetivo: Evaluar los efectos de la heterogeneidad ambiental promovida por la estratificación térmica sobre la distribución de variables limnológicas y grupos funcionales (GF) del fitoplancton en dos lagos naturales.

Métodos: Se realizaron mediciones mensuales durante un período de cinco años en el perfil vertical de un lago somero monomíctico cálido (lago Carioca) y en un lago profundo y meromíctico (lago Dom Helvécio).

Resultados: La zonación vertical generada por la alta estabilidad térmica durante el período de estratificación promovió un aumento en la heterogeneidad espacial y, consecuentemente, en la riqueza de grupos funcionales en ambos lagos. En el epilimnion, la dominancia de clorofíceas pequeñas y desmídicas (NA, A y X1, ≤20 μm) y dinofíceas de mayor tamaño (Lo, ≥20 μm) se asoció con alta turbulencia, buena disponibilidad de luz y limitación de fósforo soluble. En el metalimnion, la presencia de cianobacterias filamentosas (R) y clorofíceas coloniales (F) de mayor tamaño (≥20 μm) se relacionó con hábitats estables, altas concentraciones de N-NH₄ y P-PO₄³⁻, y condiciones limitantes de luz. Comparativamente, el lago Dom Helvécio presentó mayor riqueza de GF en las capas meta-hipolimnéticas (SN, P), así como un mayor número de especies por grupo funcional. Los cambios estacionales en las condiciones climáticas (por ejemplo, la disminución de la temperatura del aire y la consecuente pérdida de calor) provocaron la ruptura de la estabilidad de la columna de agua, lo que promovió la redistribución de las formas disueltas de nutrientes y el aumento de la limitación lumínica en ambos lagos durante el período de mezcla. Como consecuencia, se produjo una reducción drástica en la riqueza y biomasa poblacional de los GF (≤80 %).

Conclusiones: La estabilidad térmica y la atelomixis fueron las principales fuerzas impulsoras de la heterogeneidad vertical durante la estratificación, favoreciendo la coexistencia de grupos funcionales y, en consecuencia, el aumento de su riqueza y biomasa.