Este estudio examinó las asociaciones de cladóceros en tres lagunas de la llanura aluvial del río Taquari, cerca de la transición entre la meseta y la llanura. Buscamos responder a las siguientes preguntas: ¿Funciona el río Taquari como barrera geográfica o corredor de dispersión para los cladóceros? ¿Pueden los diferentes grados de conexión inducir diferentes estructuras en las asociaciones de cada laguna? Se muestrearon cladóceros y variables limnológicas cada dos meses durante un año. Se registraron cuarenta y una especies, cuatro de las cuales eran comunes a todas las lagunas. Nuestros resultados indicaron que los diferentes grados de conexión entre el río y las lagunas favorecieron la heterogeneidad ambiental y la diversificación en las asociaciones de cladóceros. La mayor disimilitud entre las dos lagunas conectadas con el río indica que, en este caso, el río funciona mejor como barrera que como corredor de dispersión.